东南大学工会委员会（原名南京工学院工会委员会）成立于1953年，至今已有70多年的历史。1984年，学校召开首届教职工代表大会。2000年4月，原东南大学、南京铁道医学院、南京交通高等专科学校合并，南京地质学校并入。
　　东南大学工会是校教代会、校“专业技术职务申诉审议委员会”和“岗位聘用与考核申诉委员会”的工作机构，下设经费审查委员会、女教职工委员会、宣传教育委员会、文化体育委员会、福利工作委员会和青年工作委员会。校教代会下设校务民主监督与管理委员会和提案工作委员会，教代会执行委员会为大会闭会期间履行教代会职权的常设机构。
　　在长期的工作实践中，工会、教代会以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，在学校党委和行政的正确领导下、在上级工会组织的指导下，围绕学校中心工作，服务学校发展大局，全面履行教代会职权和工会各项职能，在思想引领、民主监督、文化建设、维权服务等方面勇于担当作为、创新工作方法，为学校的改革、发展和稳定做出了一定的贡献。因工作有特色、成效显著、教职工满意度高，曾被全国教育工会授予“教育工会先进集体”荣誉称号，多次获得江苏省教育（科技）工会授予的“高校工会工作先进集体”、“高校工会财务工作先进集体”和“高校工会女工工作先进集体”等荣誉称号，获得省总工会授予的“江苏省劳动模范管理工作先进集体”、“江苏省工会女工工作先进集体”和“江苏省工会财务工作先进集体”等称号；2007年，荣获江苏省教科系统“模范职工之家”称号，2008年荣获江苏省“模范职工之家”称号；2011年荣获全国“模范职工之家”称号；2017年，我校荣获“全国厂务公开民主管理先进单位”称号；2018年荣获江苏省教科系统“五星级”教工之家称号。（2025年4月更新）